加入收藏
全国免费热线:400-7780-786

如何查BAC的ID号

2020-06-18

   查找克隆ID的途径不同,我们将解释其中之一,它利用了加州大学圣克鲁斯分校(UCSC)的基因组浏览器。其他路线可能包括最近扩展的(2008年底)NCBI CloneFinder程序。UCSC和NCBI链接将打开Mouse Genome Browser和Mouse Clone Finder程序。如果您对其他物种感兴趣,请更改Browser / CloneFinder的物种名称,然后继续。

以下文本仅适用于UCSC浏览器。在“位置或搜索词”窗口中键入基因名称以替换默认文本。在这种情况下,键入CDK2。点击“提交”按钮。出现一个包含许多搜索结果的新页面,其中包含与“ CDK2”相关的数据。根据您对基因的了解做出**选择,然后单击相关链接以打开“基因组浏览器”。例如,点击带有特定标签“(NM_183417)细胞周期蛋白依赖性激酶2同工型1”的链接(您可以在“ RefSeq Genes”标题下找到此链接 涵盖了7,068 bp染色体区段的基因组特征。您可以更改显示方式:放大或缩小,显示其他基因组特征等。您可能还会在“ BAC末端对”标题下看到一系列水平线,而水平线的箭头则在左侧或右侧固定。此极性指示插入序列和载体序列的相对方向。如果看不到任何水平线和“ BAC End Pairs”标题,则需要将基因组浏览器中的“ BAC End Pair”显示选项激活为“ Full”。如果看到BAC,您如何知道BAC插入序列的大小和边界?您可以缩小直到看到显示的两个插入末端,也可以单击水平的“ BAC”行之一。单击后,将打开一个新页面,其中包含指向相关BAC插入结束序列(“ BES”)的许多链接。

无论如何,您可能会发现许多包含小的CDK2基因座的BAC,并且大多数显示的BAC的名称都以“ RP”开头,即“ RP23 ”或“ RP24 ”。有时会看到带有“ MSMG01”前缀的BAC。这些前缀表示包括这些BAC克隆的特定BAC库的名称。“ RP23”和“ RP24” BAC库是在我们的BACPAC实验室中制作的,可以在我们的BACPAC库浏览器的相应页面上找到更详细的描述。。您会发现这两个库均来自C57BL / 6J菌株。我们有来自不同菌株的许多其他鼠类BAC文库,但是在数据库中找不到与这些其他文库的特定基因相对应的BAC克隆。必须对库进行筛选。例如,请参见我们的“ 筛选服务“。具有MSMG01前缀的BAC源自亚洲野生小鼠亚种(“ Mus musculus molossinus”),该BAC库不是我们的BACPAC资源中心的一部分,但可以通过日本RIKEN研究所获得。NCBI建议使用克隆命名规则。

filename


加载中
您是第 1777171 位访客!