原位杂交 (ISH) 是用于定位固定组织和细胞中特定核酸靶标的强大技术,能够获得与基因表达和遗传位点相关的时间和空间信息。虽然 ISH 的基本工作流程与印迹杂交近似,即核酸探针被合成、标记、纯化和特异性靶标杂交,但其不同之处在于前者可通过显示组织内的结果来获得更多信息。如今有两种基本方法来实现显示原位 RNA 和 DNA 靶标,即荧光 (FISH) 和显色 (CISH) 检测。每种检测方法本身的特点(见下表)使得 FISH 和 CISH 适用于截然不同的应用。虽然两种方法均使用标记的、与样本杂交的靶标特异性探针,但每种方法用于可视化显示样本的仪器不同。这里我们将强调每种方法的不同之处和各自的优势。
技术 | 仪器/可视化方法 | 主要优势 | 主要应用 |
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CISH | 明视野显微法 | 能够同时查看 CISH 信号和组织形态学 | 分子病理学诊断 |
DNA-FISH | 荧光显微法 | 多重复用:在同一样本中直观显示多个靶标 | 基因存在、拷贝数和位置;突变分析 |
RNA-FISH | 荧光显微法、HCS 和流式细胞分析 | 多重复用:在同一样本中直观显示多个靶标 | 基因表达、RNA 的时间和空间定位 |